Обычно в файловой системе для упорядочения файлов имеются каталоги или папки, которые во многих системах сами по себе являются файлами.

Допустимые системные вызовы для управления каталогами имеют большее количество вариантов от системы к системе, чем системные вызовы, управляющие файлами. Рассмотрим примеры, дающие представление об этих системных вызовах и характере их работы (взятые из системы UNIX).

1. Create (Создать каталог). Каталог создается пустым, за исключением точки и двойной точки, которые система помещает в него автоматически (или в некоторых случаях при помощи программы mkdir).

2. Delete (Удалить каталог). Удалить можно только пустой каталог. Каталог, содержащий только точку и двойную точку, рассматривается как пустой, поскольку они, как правило, не могут быть удалены.

3. Opendir (Открыть каталог). Каталоги могут быть прочитаны. К примеру, для вывода имен всех файлов, содержащихся в каталоге, программа Is открывает каталог для чтения имен всех содержащихся в нем файлов. Перед тем как каталог может быть прочитан, он должен быть открыт по аналогии с открытием и чтением файла

4. Closedir (Закрыть каталог). Когда каталог прочитан, он должен быть закрыт, чтобы освободить пространство во внутренних таблицах системы.

5. Readdir (Прочитать каталог). Этот вызов возвращает следующую запись из открытого каталога. Раньше каталоги можно было читать с помощью обычного системного вызова read, но недостаток такого подхода заключался в том, что программист вынужден был работать с внутренней структурой каталогов, о которой он должен был знать заранее. В отличие от этого, readdir всегда возвращает одну запись в стандартном формате, независимо от того, какая из возможных структур каталогов используется.

6. Rename (Переименовать каталог). Во многих отношениях каталоги подобны файлам и могут быть точно так же переименованы, как и файлы.

7. Link (Привязать). Привязка представляет собой технологию, позволяющую файлу появляться более чем в одном каталоге. В этом системном вызове указывается существующий файл и новое имя файла в некотором существующем каталоге, и создается привязка существующего файла к указанному каталогу с указанным новым именем. Таким образом один и тот же файл может появиться в нескольких каталогах, возможно, под разными именами. Подобная привязка, увеличивающая показания файлового счетчика i-узла (предназначенного для отслеживания количества записей каталогов, в которых фигурирует файл), иногда называется жесткой связью, или жесткой ссылкой (hard link).

8. Unlink (Отвязать). Удалить запись каталога. Если отвязываемый файл присутствует только в одном каталоге (что чаще всего и бывает), то этот вызов удалит его из файловой системы. Если он фигурирует в нескольких каталогах, то он будет удален из каталога, который указан в имени файла. Все остальные записи останутся. Фактически, системным вызовом для удаления файлов в UNIX, является unlink.

В приведенном списке перечислены наиболее важные вызовы, но существуют и другие вызовы, к примеру, для управления защитой информации, связанной с каталогами.